C'est en novembre 2006 que le premier accord d'interopérabilité avait été signé entre Microsoft et à l'époque Novell. Un accord qui avait alors suscité la polémique dans les milieux open source eu égard à une forme de contrepartie.

Ainsi, la possibilité pour Microsoft de revendre à ses clients des certifications SUSE Linux, et pour Novell l'assurance de bénéficier d'une couverture légale dans l'accès aux brevets respectifs. Cela avait relancé la polémique autour des accusations larvées de Microsoft concernant la violation supposée de propriété intellectuelle par le noyau Linux notamment.

Aujourd'hui, Novell a été racheté par Attachmate pour 2,2 milliards de dollars et c'est avec l'entité SUSE que Microsoft a étendu son accord d'interopérabilité qui devait prendre fin en 2012. Il a été prolongé jusqu'au 1er janvier 2016. Microsoft s'engage par ailleurs à investir 100 millions de dollars dans les nouveaux certificats SUSE Linux Enterprise pour les clients recevant un support Linux de SUSE.

Au-delà de la polémique, rappelons que l'accord porte sur le bon fonctionnement d'invités SUSE Linux dans Hyper-V ( l'hyperviseur de Microsoft ). Cela a facilité l'intégration de lignes de code en relation avec Hyper-V dans le noyau Linux. Un autre volet porte sur la compatibilité des formats de documents.