Le réseau Freenet fonctionne de manière décentralisée. Les fichiers échangés sont en effet dupliqués de nœud en nœud, grâce à l'espace de stockage et à la bande passante fournis par chaque utilisateur. Cela rend difficile la remontée à la source et le réseau difficile à faire tomber. De plus, l'utilisateur ne connaît pas le contenu de l'espace de stockage qu'il alloue au réseau Freenet et les flux d'informations sont chiffrés. Source du fichier difficile à identifier et transmissions opaques, tout est fait pour garantir la liberté de circulation des informations sans craindre la censure et les représailles de certains gouvernements comme la Chine, qui est le plus bel exemple en la matière.
Apparu en 1999, le projet a été rendu disponible dans une première mouture estampillée 0.1 au mois de mars 2000. Depuis, le développement s'est poursuivi avec l'arrivée, il y a peu, d'une version 0.7 édition Darknet dotée d'une nouvelle fonctionnalité qui permet aux utilisateurs de définir les personnes auxquelles elles souhaitent que leur nœud Freenet se connecte, ce qui rend ainsi très difficile pour un tiers de déterminer qui utilise Freenet. Au menu des changements annoncés, on notera aussi des améliorations au niveau des performances, de la sécurité et de la facilité d'utilisation
