Ils ont cependant suscité une vive polémique autour des conditions de réalisation de ces thèses et sur le travail d'évaluation du jury de thèse.
Le CNRS avait alors émis (via le CoNRS, comité national de la recherche scientifique) un rapport interne d'évaluation très critique à l'égard des travaux des frères Bogdanov, dont des extraits ont été publiés dans le journal Marianne. Le document tirait à boulets rouges sur les thèses, considérées comme "dénuées de valeur scientifique", mais aussi sur l'insuffisant travail d'évaluation du jury.
Les deux frères avaient alors porté plainte contre le CNRS en réclamant l'annulation du rapport et 1,2 million d'euros pour le préjudice moral causé par cette diffusion. Le tribunal administratif de Paris a cependant considéré que le rapport du CoNRS "se contente de formuler un avis scientifique sur le niveau des thèses" d'une part et qu'il n'avait pas été prouvé que le CNRS ait volontairement et abusivement transmis le rapport au journal, n'étant pas l'unique dépositaire du fameux document, d'autre part.
Dans ces conditions, l'ensemble des requêtes des frères Bogdanov est rejeté, ce dont se félicite le CNRS tout en soulignant que "le jugement du tribunal administratif de Paris est susceptible d'appel".
