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Pb MàJ paquet MySQL

9 réponses
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Grégoire COUTANT
Bonjour à tous,
Lors de la MàJ d'un paquet (mysql-server-5.6), le processus a planté sur
une erreur de MàJ corrigé quelques jours plus tard par le mainteneur du
paquet.

Mais maintenant je ne peux plus effectuer aucune MàJ sans que MySQL
plante car il y a une incohérence entre la version installée et la
version retournée par le serveur et je ne sais pas comment résoudre ce
souci.

Lors d'un #aptitude safe-upgrade :

Preparing to replace mysql-server-5.6 5.6.21-1~dotdeb.1 (using
.../mysql-server-5.6_5.6.23-1~dotdeb.3_amd64.deb) ...
Stopping MySQL database server: mysqld.
cp: cannot overwrite directory
`/var/lib/mysql-upgrade/DATADIR.link/mysql' with non-directory
dpkg: error processing
/var/cache/apt/archives/mysql-server-5.6_5.6.23-1~dotdeb.3_amd64.deb
(--unpack):
subprocess new pre-installation script returned error exit status 1
[...]
Errors were encountered while processing:
/var/cache/apt/archives/mysql-server-5.6_5.6.23-1~dotdeb.3_amd64.deb
E: Sub-process /usr/bin/dpkg returned an error code (1)
A package failed to install. Trying to recover:
[...]
dpkg: dependency problems prevent configuration of mysql-server-5.6:
mysql-server-5.6 depends on mysql-server-core-5.6 (=
5.6.21-1~dotdeb.1); however:
Version of mysql-server-core-5.6 on system is 5.6.23-1~dotdeb.3.
dpkg: error processing mysql-server-5.6 (--configure):
dependency problems - leaving unconfigured


Pourtant lorsque je demande en CLI la version de MySQL j'obtiens :

# mysql --version
mysql Ver 14.14 Distrib 5.6.23, for debian-linux-gnu (x86_64) using
EditLine wrapper

MySQL 5.6.23 est bien installée manifestement mais le serveur essaie de
réinstaller cette version quand même et plante !

Savez-vous comment sortir de cette situation ?

Merci

Greg

--
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S
Bonjour,

Le vendredi 29 mai 2015 à 10:28, Grégoire COUTANT a écrit :
Preparing to replace mysql-server-5.6 5.6.21-1~dotdeb.1 (using
.../mysql-server-5.6_5.6.23-1~dotdeb.3_amd64.deb) ...
Stopping MySQL database server: mysqld.
cp: cannot overwrite directory `/var/lib/mysql-upgrade/DATADIR.link/mysql'
with non-directory



Apparemment le script de pré-installation de la mise-à-jour tente de remplacer
ce dossier et ça échoue…

Ça doit se passer dans le script « pre-inst » contenu dans le dossier « debian »
du paquet. Il va falloir analyser ce qui s'y fait. Pour cela :
- télécharger le paquet (.deb);
- extraire le paquet (avec « dpkg -x »);
- analyser le contenu du script en question.

Errors were encountered while processing:
/var/cache/apt/archives/mysql-server-5.6_5.6.23-1~dotdeb.3_amd64.deb



Pourquoi utiliser un paquet MySQL provenant d'une autre source que Debian ?

Est-ce que le mainteneur du dépôt connait un contournement à ce problème de
mise-à-jour de _son_ paquet ?

Sébastien

--
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yamo'
Salut,

Grégoire COUTANT a écrit le 29/05/2015 10:30 :
Savez-vous comment sortir de cette situation ?






Il y a peut-être la réponse là :
<http://mondedie.fr/viewtopic.php?ide58> en #18, ça a été résolu.



--
Stéphane

--
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mireero
On 05/29/2015 10:30 AM, Grégoire COUTANT wrote:
Bonjour à tous,
Lors de la MàJ d'un paquet (mysql-server-5.6), le processus a planté sur
une erreur de MàJ corrigé quelques jours plus tard par le mainteneur du
paquet.

Mais maintenant je ne peux plus effectuer aucune MàJ sans que MySQL
plante car il y a une incohérence entre la version installée et la
version retournée par le serveur et je ne sais pas comment résoudre ce
souci.

Lors d'un #aptitude safe-upgrade :

Preparing to replace mysql-server-5.6 5.6.21-1~dotdeb.1 (using
..../mysql-server-5.6_5.6.23-1~dotdeb.3_amd64.deb) ...
Stopping MySQL database server: mysqld.
cp: cannot overwrite directory
`/var/lib/mysql-upgrade/DATADIR.link/mysql' with non-directory
dpkg: error processing
/var/cache/apt/archives/mysql-server-5.6_5.6.23-1~dotdeb.3_amd64.deb
(--unpack):
subprocess new pre-installation script returned error exit status 1
[...]
Errors were encountered while processing:
/var/cache/apt/archives/mysql-server-5.6_5.6.23-1~dotdeb.3_amd64.deb
E: Sub-process /usr/bin/dpkg returned an error code (1)
A package failed to install. Trying to recover:
[...]
dpkg: dependency problems prevent configuration of mysql-server-5.6:
mysql-server-5.6 depends on mysql-server-core-5.6 ( > 5.6.21-1~dotdeb.1); however:
Version of mysql-server-core-5.6 on system is 5.6.23-1~dotdeb.3.
dpkg: error processing mysql-server-5.6 (--configure):
dependency problems - leaving unconfigured


Pourtant lorsque je demande en CLI la version de MySQL j'obtiens :

# mysql --version
mysql Ver 14.14 Distrib 5.6.23, for debian-linux-gnu (x86_64) using
EditLine wrapper

MySQL 5.6.23 est bien installée manifestement mais le serveur essaie de
réinstaller cette version quand même et plante !

Savez-vous comment sortir de cette situation ?

Merci

Greg




Désolé si ça semble trivial!
Est-ce que tu peux te permettre une réinstallation (genre aptitude
"remove" puis "install" ou direct "reinstall")?

--
mireero

--
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Sébastien NOBILI
Le vendredi 29 mai 2015 à 11:01, yamo' a écrit :
Il y a peut-être la réponse là :
<http://mondedie.fr/viewtopic.php?ide58> en #18, ça a été résolu.



La page traite bien d'un problème d'installation MySQL mais le problème n'est
pas le même :

insserv: warning: script 'firewall' missing LSB tags and overrides
insserv: There is a loop between service minidlna and firewall if stopped
insserv: loop involving service firewall at depth 2
insserv: loop involving service minidlna at depth 1
insserv: Stopping firewall depends on minidlna and therefore on system facility `$all' which can not be true!
insserv: exiting now without changing boot order!
update-rc.d: error: insserv rejected the script header

Là c'est un script pourri dans /etc/init.d qui bloque, le problème aurait
sûrement pu se passer aussi à l'installation d'Apache, PostgreSQL, etc.

Sébastien

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Grégoire COUTANT
Bonjour,

Le 29/05/2015 10:58, Sébastien NOBILI a écrit :
[...]
Apparemment le script de pré-installation de la mise-à-jour tente de remplacer
ce dossier et ça échoue…



Oui, le mainteneur du paquet a corrigé ce souci (pb de symlink), mais le
souci vient du fait que la version de mysql est bien installé (car mysql
--version sort la dernière version) mais que l'OS lui semble ne pas le
savoir !

Pourquoi utiliser un paquet MySQL provenant d'une autre source que Debian ?



Mes devs ont besoin de cette version pour certaines fonctionnalités.

Est-ce que le mainteneur du dépôt connait un contournement à ce problème de
mise-à-jour de _son_ paquet ?



Oui, il l'a corrigé
(https://www.dotdeb.org/2015/02/08/mysql-5-6-23-for-wheezy/) et
d'ailleurs le paquet semble s'être installé. Mon souci vient surtout du
fait que debian ne le sait pas :-/

Grégoire

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Grégoire COUTANT
Bonjour,

Le 29/05/2015 11:14, mireero a écrit :
[..]
Désolé si ça semble trivial!
Est-ce que tu peux te permettre une réinstallation (genre aptitude
"remove" puis "install" ou direct "reinstall")?



J'y ai pensé mais les bases de développement sont sur ce serveur (ça
c'est pas grave, ça peut se couper), mais également deux bases de
production qui avait besoin de cette version, donc je cherche une
solution autre avant de tenter une réinstallation.

Je n'ai jamais utilisé reinstall par contre, je vais creuser voir ce que
ça fait.

Greg

--
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mireero
On 05/29/2015 12:30 PM, Grégoire COUTANT wrote:
Bonjour,

Le 29/05/2015 10:58, Sébastien NOBILI a écrit :
[...]
Apparemment le script de pré-installation de la mise-à-jour tente de
remplacer
ce dossier et ça échoue…



Oui, le mainteneur du paquet a corrigé ce souci (pb de symlink), mais le
souci vient du fait que la version de mysql est bien installé (car mysql
--version sort la dernière version) mais que l'OS lui semble ne pas le
savoir !

Pourquoi utiliser un paquet MySQL provenant d'une autre source que
Debian ?



Mes devs ont besoin de cette version pour certaines fonctionnalités.

Est-ce que le mainteneur du dépôt connait un contournement à ce
problème de
mise-à-jour de _son_ paquet ?



Oui, il l'a corrigé
(https://www.dotdeb.org/2015/02/08/mysql-5-6-23-for-wheezy/) et
d'ailleurs le paquet semble s'être installé. Mon souci vient surtout du
fait que debian ne le sait pas :-/

Grégoire




Oui, debian, enfin les bases de données d'apt pour être plus précis.
Éventuellement voir comment fonctionne apt, ça peut aider.

C'est l'erreur qui m'intrigue, comme tu en as eu une pendant une
installation précédente, je me demandais si tu avais toujours un dossier
"/var/lib/mysql-upgrade/" ?
Car chez moi j'en ai pas, et si la réponse est oui, je le supprimerais.

--
mireero

--
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S
Le vendredi 29 mai 2015 à 12:29, Grégoire COUTANT a écrit :
Le 29/05/2015 11:14, mireero a écrit :
>Est-ce que tu peux te permettre une réinstallation (genre aptitude
>"remove" puis "install" ou direct "reinstall")?

J'y ai pensé mais les bases de développement sont sur ce serveur (ça c'est
pas grave, ça peut se couper), mais également deux bases de production qui
avait besoin de cette version, donc je cherche une solution autre avant de
tenter une réinstallation.



Commence déjà par faire une bonne sauvegarde du contenu du dossier de MySQL
(/var/lib/mysql ?) et un dump de l'ensemble de tes bases, tu seras plus serein
pour la suite.

Le vendredi 29 mai 2015 à 12:27, Grégoire COUTANT a écrit :
Le 29/05/2015 10:58, Sébastien NOBILI a écrit :
>Apparemment le script de pré-installation de la mise-à-jour tente de remplacer
>ce dossier et ça échoue…

Oui, le mainteneur du paquet a corrigé ce souci (pb de symlink), mais le
souci vient du fait que la version de mysql est bien installé (car mysql
--version sort la dernière version) mais que l'OS lui semble ne pas le
savoir !



En fait, je pense que le paquet doit être dans un état non-configuré, donc le
système (ou plus précisément le gestionnaire de paquets) tente de le configurer.
Il le tentera également si tu installes un paquet quel qu'il soit.

>Est-ce que le mainteneur du dépôt connait un contournement à ce problème de
>mise-à-jour de _son_ paquet ?

Oui, il l'a corrigé
(https://www.dotdeb.org/2015/02/08/mysql-5-6-23-for-wheezy/) et d'ailleurs
le paquet semble s'être installé. Mon souci vient surtout du fait que debian
ne le sait pas :-/



Apparemment Frank a réussi à s'en sortir en supprimant le lien symbolique et en
créant un dossier vide après avoir défini le datadir [1]. Est-ce que tu as
essayé ?

1: https://www.dotdeb.org/2015/02/08/mysql-5-6-23-for-wheezy/#comment-34425

Tu peux aussi tenter de remplacer ton lien symbolique par un montage « bind »,
certains outils n'aiment pas trop rencontrer des liens symboliques sur leur
chemin…

Sébastien

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Grégoire COUTANT
Bonjour à tous,

Le 29/05/2015 14:14, mireero a écrit :
[...]
Oui, debian, enfin les bases de données d'apt pour être plus précis.
Éventuellement voir comment fonctionne apt, ça peut aider.

C'est l'erreur qui m'intrigue, comme tu en as eu une pendant une
installation précédente, je me demandais si tu avais toujours un dossier
"/var/lib/mysql-upgrade/" ?
Car chez moi j'en ai pas, et si la réponse est oui, je le supprimerais.




J'ai testé cette solution et après un aptitude safe-upgrade tout est
rentré dans l'ordre :-)

Merci à toi et à tous les autres qui ont proposé des solutions que je
n'ai pas eu à tester au final !

Très bon week-end à tous

Greg

--
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