Cependant, les récents épisodes labellisés « Prime » ont eux aussi connu un certain succès sur les plates-formes de Nintendo et ce, en dépit d'un gameplay FPS. Le développeur officiel de cette branche, Retro Studios, n'est cependant pas mort et enterré face au projet de la Team Ninja. En effet, Yoshio Sakamoto, co-créateur de Metroid, a indiqué lors d'une récente entrevue qu'il souhaitait vivement qu'un nouveau Metroid Prime soit développé :
« En ce qui concerne la série Prime, si l'équipe de Retro Studios arrive avec une idée qui apporte une suite à la série à succès, je les encouragerais par tous les moyens à le faire. Mais je ne suis pas directement impliqué avec les jeux Prime. [...] J'ai l'espoir de lier les histoires de Super Metroid et de Metroid Fusion, et jusqu'à ce que fasse cela, je ne peux pas imaginer ce qui se déroule après Fusion. Mais si le concept vient à moi, je souhaiterais continuer l'histoire et voir jusqu'où elle peut aller ».
Au vu de la pertinence du dernier projet de Retro Studios, Metroid Prime 3 : Corruption, force est de constater que les joueurs aspirent eux aussi à l'élaboration d'un nouvel épisode, sur une console actuelle ou ultérieure de Nintendo.
