Prog de phylogénie: quelle puissance ?

Le
gquerat
Hello,

Le labo veut acheter un Mac (iMac ou même gros Mac-Pro) pour faire de la
phylogenie en local. Je travaillais surtout en ligne sur des gros
serveurs quand j'en faisais (il y a 10-15 ans) et je voudrais avoir une
idée du temps de traitement sur nos mac/PC actuels avec des softs comme
PAUP* ou PHYLIP et pour des matrices de 100 sequences de 10 000 bases
chacune ? (génomes viraux)
Quelqu'un a une idée ?
Du point de vue théorique pour ce type de logiciels, qu'est ce qui
importe ? La vitesse, la RAM, ? Je suppose que la carte graphique n'est
pas critique

--
Gilles Querat
Luminy Les Calanques
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pas.de.spam
Le #19335011
Gilles Querat
Hello,

Le labo veut acheter un Mac (iMac ou même gros Mac-Pro) pour faire de la
phylogenie en local. Je travaillais surtout en ligne sur des gros
serveurs quand j'en faisais (il y a 10-15 ans) et je voudrais avoir une
idée du temps de traitement sur nos mac/PC actuels avec des softs comme
PAUP* ou PHYLIP et pour des matrices de 100 sequences de 10 000 bases
chacune ? (génomes viraux)
Quelqu'un a une idée ?
Du point de vue théorique pour ce type de logiciels, qu'est ce qui
importe ? La vitesse, la RAM, ? Je suppose que la carte graphique n'est
pas critique...



pour le moment, non, effectivement, la carte vidéo ne servira pas à
grand chose, mais la donne risque de changer avec Mac OS X 10.6.
--
PO.

Pour m'écrire : po_taubaty(arobas)yahoo(point)fr
OdarR
Le #19335001
On 14 mai, 09:52, (Gilles Querat)
wrote:
Hello,

Le labo veut acheter un Mac (iMac ou même gros Mac-Pro) pour faire de l a
phylogenie en local. Je travaillais surtout en ligne sur des gros
serveurs quand j'en faisais (il y a 10-15 ans) et je voudrais avoir une
idée du temps de traitement sur nos mac/PC actuels avec des softs comme
PAUP* ou PHYLIP  et pour des matrices de 100 sequences de 10 000 bases
chacune ? (génomes viraux)
Quelqu'un a une idée ?
Du point de vue théorique pour ce type de logiciels, qu'est ce qui
importe ? La vitesse, la RAM, ? Je suppose que la carte graphique n'est
pas critique...

--
Gilles Querat
Luminy Les Calanques



le traitement parallèle sur les core du ou des CPU, non ?

Olivier
gquerat
Le #19340121
OdarR
On 14 mai, 09:52, (Gilles Querat)
wrote:
> Hello,
>
> Le labo veut acheter un Mac (iMac ou même gros Mac-Pro) pour faire de la
> phylogenie en local. Je travaillais surtout en ligne sur des gros
> serveurs quand j'en faisais (il y a 10-15 ans) et je voudrais avoir une
> idée du temps de traitement sur nos mac/PC actuels avec des softs comme
> PAUP* ou PHYLIP et pour des matrices de 100 sequences de 10 000 bases
> chacune ? (génomes viraux)
> Quelqu'un a une idée ?
> Du point de vue théorique pour ce type de logiciels, qu'est ce qui
> importe ? La vitesse, la RAM, ? Je suppose que la carte graphique n'est
> pas critique...
>
> --
> Gilles Querat
> Luminy Les Calanques

le traitement parallèle sur les core du ou des CPU, non ?



Ben oui, c'est bien possible, aussi j'aimerais avoir des expériences de
gens utilisant ce type de programme pour savoir si ils font du
parrallele ou si ils n'occupent qu'un seul coeur. Comme ce sont de vieux
programme, je pencherais pour l'utilisation d'un cpu à la fois, mais une
certitude serait bien venue ...


--
Gilles Querat
Luminy Les Calanques
benoit.sansspam
Le #19340281
Gilles Querat
Ben oui, c'est bien possible, aussi j'aimerais avoir des expériences de
gens utilisant ce type de programme pour savoir si ils font du
parrallele ou si ils n'occupent qu'un seul coeur. Comme ce sont de vieux
programme, je pencherais pour l'utilisation d'un cpu à la fois, mais une
certitude serait bien venue ...



Si tu ne sais utiliser qu'un cpu, tu peux lancer deux fois le
programme mais sur des données différentes.

--
Benoît

Avec des fumeurs c'est difficile de s'arrêter. Avec des branleurs,
là, par contre, c'est difficile de continuer.
yapu
Le #19371001
Gilles Querat
Quelqu'un a une idée ?



il y avait ici des gens travaillant à Pasteur, et d'autres au CERN, qui
devraient connaitre le calcul numérique intensif sur Mac.
Je ne sais pas ce qu'ils sont devenus...

En fait, tout dépend vraiment de l'optimisation du logiciel :
- sait-il faire du multi-proc
- sait-il utiliser les modules vectoriels (pour ça, le G4 avait le
meilleur rapport puissance / fréquence et le G5 reste imbattable...)

et selon la complexité des calculs, la taille du cache du proc peut
aussi jouer.
--
Philippe Manet
en fait, c'est manet avant @
gquerat
Le #19372421
Philippe Manet
Gilles Querat
> Quelqu'un a une idée ?

il y avait ici des gens travaillant à Pasteur, et d'autres au CERN, qui
devraient connaitre le calcul numérique intensif sur Mac.
Je ne sais pas ce qu'ils sont devenus...



Oui, dingue comme nos rangs deviennent de plus en plus clairsemés... Et
pourtant y'a de + en + de Macs ! Soit les anciens n'osent plus poster de
peur d'écrire une bêtise, soit les nouveaux sont des jeunes qui ne
connaissent pas usenet ! C'est pas exclusif d'ailleurs !

En fait, tout dépend vraiment de l'optimisation du logiciel :
- sait-il faire du multi-proc



Probablement pas, au moins pour les 2 programmes majoritairement
utilisés. C'est l'avis d'un pote qui utilise un quadri-coeur sous ubuntu
pour les faire tourner. Mais ça permet de lancer les mêmes matrices avec
trois algorythmes différents, et donc de tester la solidité des
résultats. La durée moyenne de calcul devrait être de l'ordre de la
journée !

- sait-il utiliser les modules vectoriels (pour ça, le G4 avait le
meilleur rapport puissance / fréquence et le G5 reste imbattable...)



No se!

et selon la complexité des calculs, la taille du cache du proc peut
aussi jouer.



Je crois que je vais m'orienter vers le BiPro (4 coeurs donc) en 2,66
Ghz, 16 Go de RAM et avec un 30" car les alignements de séquences sur un
petit écran, bonjour la galère !!

--
Gilles Querat
Luminy Les Calanques
pas.de.spam
Le #19374911
Gilles Querat


Je crois que je vais m'orienter vers le BiPro (4 coeurs donc) en 2,66
Ghz, 16 Go de RAM et avec un 30" car les alignements de séquences sur un
petit écran, bonjour la galère !!



C'est le mono proc qui a 4 coeurs. En plus, il n'a que 4 slots de RAM,
et les barrettes de 4 Go coûtent la peau des fesses et en prime celles
des coucougnettes, annulant plus que largement de ce fait l'économie
faite en prenant un monoproc à la place d'un bi proc (8 coeurs).
--
PO.

Pour m'écrire : po_taubaty(arobas)yahoo(point)fr
François
Le #19376521
On 2009-05-14 17:35:01 +0200, (Pierre-Olivier
TAUBATY) said:

Gilles Querat
Hello,

Le labo veut acheter un Mac (iMac ou même gros Mac-Pro) pour faire de la
phylogenie en local. Je travaillais surtout en ligne sur des gros
serveurs quand j'en faisais (il y a 10-15 ans) et je voudrais avoir une
idée du temps de traitement sur nos mac/PC actuels avec des softs comme
PAUP* ou PHYLIP et pour des matrices de 100 sequences de 10 000 bases
chacune ? (génomes viraux)
Quelqu'un a une idée ?
Du point de vue théorique pour ce type de logiciels, qu'est ce qui
importe ? La vitesse, la RAM, ? Je suppose que la carte graphique n'est
pas critique...



pour le moment, non, effectivement, la carte vidéo ne servira pas à
grand chose, mais la donne risque de changer avec Mac OS X 10.6.



il y a un site pour la programmation scientifique sur mac
http://www.macresearch.org/
la page suivante est sur le 10.6
http://www.macresearch.org/snow-leopard-will-be-performance-monster

HTH
François
Thierry Mella
Le #19558751
Philippe Manet wrote:

- sait-il utiliser les modules vectoriels (pour ça, le G4 avait le
meilleur rapport puissance / fréquence et le G5 reste imbattable...)



En parlant de modules vectoriels (Altivec pour les PPC),
Quid de l'équivalent en Intel ? (Core 2 Duo p.ex.)
François
Le #19560241
On 2009-06-13 18:46:50 +0200, Thierry Mella
Philippe Manet wrote:

- sait-il utiliser les modules vectoriels (pour ça, le G4 avait le
meilleur rapport puissance / fréquence et le G5 reste imbattable...)



En parlant de modules vectoriels (Altivec pour les PPC),
Quid de l'équivalent en Intel ? (Core 2 Duo p.ex.)



tu peux regarder ça
http://www.macresearch.org/performance_tutorial_part_i_introducing_accelerate
architecture vectorielle optimisée PPC *et* intel
comprend BLAS (calculs linéaires), un module image, etc...

François
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