Pourtant la comparaison s’arrête là. En effet, si Okami ne cache pas son inspiration, le jeu arrive tout à fait à sortir de l’ombre du grand Zelda. Ainsi, Okami se crée sans peine sa propre identité, à commencer par une histoire empreinte de poésie, au message écologique qui rappelle l’œuvre de Miyazaki (
Princesse Mononoké,
Le voyage de Chihiro) et peut-être encore plus avec le récent
Pompoko d’Isao Takahata, notamment dans ses rapports entre l’homme et la nature, ses traditions japonaises, ses divinités animistes qui sont le cœur du jeu.
L’histoire d’Okami est celle d’une légende qui oppose le Bien et le Mal. D'un côté on trouve Nagi, un guerrier humain au grand courage, aidé d’un loup blanc, représentant des dieux, du nom de Shiranui et de l'autre, Orochi, un démon à huit têtes de dragon. Nagi et Shiranui finissent par venir à bout du monstre et scellent son sort dans une grotte via Tsukuyomi, l’épée de Nagi. La paix revient sur le monde de Nippon. Un siècle plus tard, une mystérieuse silhouette s’infiltre dans le sanctuaire où repose Orochi et déloge Tsukuyomi de son socle. Les ténèbres envahissent à nouveau Nippon mais le dieu-loup Amaterasu s’éveille lui aussi d’un long sommeil. Lui seul est capable de ramener la vie sur Nippon…

Le monde de Nippon est un Japon imaginaire, un Japon traditionnel rêvé, inspiré par les peintres classiques tel que Hokusai. Bien sûr, l’inspiration picturale n’est pas un hasard puisque Okami base la plus grande partie de son gameplay sur des coups de pinceaux divins. Comment ça marche ' Pour résoudre la plupart des énigmes, il vous faudra en effet jouer avec l’aquarelle. Le joueur a ainsi la possibilité de faire figer l’écran qui prend alors des tons marrons-blancs sur lequel un gros pinceau apparaît.