Toutefois, plusieurs utilisateurs se veulent gênés par cet affichage en relief, occasionnant des maux de tête et une grande fatigue des yeux. De nombreuses personnes se sont plaint auprès de Nintendo. Le constructeur vient de répondre à ce problème qu'il juge sporadique et surtout aucunement dangereux pour la santé :
« Nous avons montré la Nintendo 3DS dans plusieurs événements à travers le monde à des centaines de milliers de personnes, et nous avons reçu très peu de commentaires négatifs. Comme tout ce qui requiert de la concentration, de la lecture à fixer à écran d'ordinateur, prendre des pauses fréquentes est toujours recommandé. Lors de l'affichage de tout type d'images 3D (télévision, cinéma, etc), certaines personnes peuvent éprouver un léger malaise. Les effets sont à court terme et non durables. En fait, la plupart des joueurs peuvent continuer après avoir pris une petite pause ».
De plus, Nintendo souligne que la présence de la molette d'ajustement de la 3D est présente pour faciliter le confort de jeu, suivant les utilisateurs.
