Les problèmes vont de difficultés à reconnaître les empreintes au temps de réponse anormalement long en passant par des arrêts complets du service. Dans certains cas, un hard reset permet de corriger temporairement la situation, mais les difficultés réapparaissent au bout de quelque temps.
Et il n'est même pas possible de revenir sur la version antérieure puisque Apple ne propose plus la version iOS 9.0.2, interrompue peu après l'arrivée de iOS 9.1. Il ne reste que l'espoir d'un correctif dès iOS 9.2 dont la deuxième beta publique est désormais disponible, indiquant une disponibilité effective rapide, mais il n'est pas sûr que ce soit le cas.
La fonction Touch ID avait connu des perturbations similaires au lancement de iOS 8, et jusqu'à iOS 8.3.