Il sera parfaitement possible de procéder à une migration de données achetées sur le Nintendo eShop d'une 3DS à une autre. Plus intéressant pour les actuels possesseurs de DSi ou de DSi XL, les achats effectués sur le DSiWare pourront être transférés sur 3DS. La fonctionnalité sera disponible peu après le lancement de la 3DS, le 25 mars prochain en Europe.
Toutefois, la firme de Kyoto précise qu'il y a « une limite dans le nombre de transferts. Certains logiciels ne peuvent pas être transférés ». Il est fort probable que le constructeur prévoit quelques erreurs de migration ou de compatibilité avec certaines applications.