Le scénario du titre se déroulera juste après les événements opérés dans Kingdom Hearts II. Jiminy Cricket, en feuilletant le journal rédigé au fil du premier épisode, découvre qu'un message énigmatique est couché sur la dernière page. Afin de percer le mystère, le Roi Mickey décide de numériser le journal afin de se plonger dans les faits passés. L'aventure vous permet de contrôler Sora, dans un déroulement différent que dans le tout premier épisode de la série.
Différentes prises en main seront à attendre selon les niveaux parcourus (RPG, rail shooter, etc). La vidéo ci-dessous présente également un système d'avatars, utile pour les donjons cachés dans lesquels vous devez résoudre des bugs pour gagner de l'expérience. Plusieurs étages peuvent même être combinés ensemble afin de créer un donjon géant.
Kingdom Hearts Re : Coded est attendu pour le 7 octobre 2010 au Japon et exclusivement sur DS.