Si McKinnon a avoué son intrusion dans les réseaux informatiques de la NASA et du Pentagone, il a toujours réfuté des dégâts occasionnés pour les 97 ordinateurs piratés et l'effacement de fichiers sensibles.
Selon le gouvernement US, des systèmes militaires ont été inopérants peu de temps après les attaques du 11 septembre 2001. Des dommages évalués à près de 800 000 dollars, alors que McKinnon soutient avoir commis ses actes de piratage depuis un ordinateur personnel avec comme objet de curiosité l'existence de technologies extra-terrestres que l'on nous cacherait.
Aux États-Unis, Gary McKinnon encourt une peine de 70 années de prison dans un quartier de haute sécurité. Les avocats de McKinnon estiment qu'il lui reste néanmoins encore une possibilité d'appel, tandis que sa mère a demandé l'intervention dans cette affaire du président des USA, Barack Obama.