Le développeur vient de confirmer à IGN que les sauvegardes de l'actuelle version de Metroid Prime 3 : Corruption seront incompatibles avec Metroid Prime Trilogy :
« En raison de la façon dont les données de jeu sont allouées pour la production et les changements que nous avons effectué dans le code source, nous n'avons malheureusement pas été en mesure d'apporter la compatibilité du fichier de sauvegarde de Metroid Prime 3 à Metroid Prime Trilogy ».
Rappelons que Metroid Prime Trilogy sera introduit sur le marché européen à compter du 4 septembre 2009, sur Wii.