Nommé Naruto Shippuden : Nin Rittai Emaki Saikyou Ninkai Kessen!! sur l'archipel nippon, le titre ne sera pas véritablement un jeu de baston, mais un jeu d'action en scrolling horizontal. Au vu des premières images diffusées par l'éditeur, le titre s'appuiera également sur quelques phases de plate-forme. La fonctionnalité 3D relief sera surtout visible lors de l'accomplissement d'attaques spéciales et autres mouvements clés.
Naruto 3DS sera disponible le 31 mars 2011 au Japon.