Si le héros des deux versions s'appelle NieR, son apparence sera légèrement modifiée puisque Cavia a cherché à créer un véritable alter-ego. L'histoire différera également puisque dans la version Xbox 360, le héros sera prêt à tout pour trouver un remède pour sa fille, atteinte d'une maladie qui se répand continuellement : le Black Scrawl. Pour cela, il devra s'allier à plusieurs autres personnes afin de faire face aux nombreux ennemis qui se frotteront à vous. En parallèle, une recherche de fond d'un livre sera nécessaire pour trouver la faille de cette contamination. Sur PS3, le héros devra sauver sa jeune soeur, Yonah. Dans les deux versions, NieR sera épaulé par Kaine, une coéquipière hermaphrodite à moitié possédée par un démon.
Les deux versions de NieR seront commercialisée courant 2010 à l'échelle mondiale et seront jouables au cours du Tokyo Game Show.