Le titre se déroule dans le royaume de Elysion, sur le continent de Graceia. Ceres, une jeune fille de 15 ans adepte de la foi d'Eos, a été sélectionnée pour chanter à l'occasion de la fête de la moisson. Mais, lors du début de son moment de gloire, d'étranges monstres font leur apparition. Au milieu de ce chaos, Ceres sera maudite par la « Marque de la Bête ». Le seul moyen de briser ce sort est d'affronter les monstres dans douze tours et d'en récolter leur viande. Ende, un ami proche de Ceres, devra s'armer de son épée pour exterminer les monstres de la tour, afin d'en récupérer leurs entrailles pour stopper la progression de la marque de la bête. Aussi, le jeu se termine si le tatouage recouvre Ceres.
Pandora's Tower est attendu pour le 26 mai 2011 au Japon, exclusivement sur Wii.