Cet épisode se base toujours sur l'adresse dans des niveaux tortueux dans lesquels il faut collecter un maximum de bananes. En complément, un mode combat est inclus, permettant de cogner ses adversaires à l'aide de gants de boxe, en vue de dérober leurs bananes. Au vu de la vidéo, le déroulement général fait largement penser à un épisode de Super Smash Bros.
Super Monkey Ball 3DS est disponible depuis le 25 mars en Europe.