Doctolib a déjà été critiquée par le passé. Les principaux reproches concernaient la sécurité des données. Mais aujourd'hui, c'est le fonctionnement en lui-même qui est fortement pointé du doigt. Car depuis peu, il est possible de prendre des rendez-vous médicaux auprès de soignants non reconnus par le ministère de la Santé comme des naturopathes ou encore pour de l'urinothérapie.

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Doctolib a déclaré qu'il n'était pas compétent pour décider quelle médecine est valable ou non, mais stipule sur les fiches des praticiens s'ils sont reconnus ou non par le ministère de la Santé avec la mention « Ce praticien exerce une profession non réglementée ».

Mais ce souci soulève un problème plus important comme le fait remarquer Tristan Mendès France, maître de conférences et membre de l'observatoire du conspirationnisme. Certains comptes vont plus loin que la médecine alternative et font parfois la promotion de théories ou de personnalités ouvertement complotistes comme Irène Grosjean.

La plateforme de rendez-vous médical a d'ailleurs réagi avec la suppression de 17 comptes de professionnels affiliés à des théories complotistes.