Cette version intégrera quelques nouvelles fonctionnalités. Le Mission Mode comprendra par exemple deux types supplémentaires de mission. Dans les Sneaking Missions (Missions d'Infiltration), vous devrez atteindre un objectif donné sans vous faire repérer, tandis que dans les Defense Missions, vous aurez à défendre votre base contre les assauts ennemis.
Le CQC (Close Quarters Combat, instauré dans MGS 3) sera lui aussi de la partie, mais uniquement dans les Sneaking Missions ou après avoir obtenu le CQC sur l'écran de customisation. Pour le sélectionner, il vous faudra presser le bouton de changement d'arme sur votre... arme, car c'est bien équipé de cet accessoire ainsi que de lunettes 3D (optionnelles) que vous vivrez l'expérience Metal Gear Arcade.
