Comme le nom le précise, cet opus se déroulera dans la seconde partie du manga. Nos héros ont tous grandi et disposent désormais d'un éventail de jutsus plus varié et élaboré. C'est également l'occasion de profiter d'un plus grand nombre de personnages jouables, en particulier les membres de l'Akatsuki. Les nouvelles images mettent en évidence plusieurs combats importants tels que Sasuke contre Itachi, Kyubi contre Orochimaru, ou encore l'affrontement contre Pain dans un Konoha dévasté. Rappelons que le titre offre une meilleure liberté d'action entre les combats puisqu'il est possible de se balader aux abords de la ville de Konoha. Enfin, un mode multijoueur est disponible, jusqu'à quatre en coopération ou en compétition.
