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[Science] Logiciels scientifique OSX

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Fred
Bonjour à tous

Je co-organise un congrès fin Septembre. On attend 600-700 personnes,
des chimistes, des biochimistes, des protéomistes ...
(http://www.scba2005.com).

Là où ça devient intéressant, c'est qu'Apple fournit un Web Café avec
des MacMini en libre service et un ou deux Bipro avec des 30 pouces pour
des démos.

L'idée est de faire tourner un Max d'Applis alléchantes sur les BiPro.

J'ai pas de pb à trouver de bonnes applis orientées BM ou Biochimie
(notamment structurale), mais je sèche pour ce qui concerne la chimie et
la protéomique

Donc, voila ma requête

Quelles sont les applis qui feraient saliver un chimiste (un
protéomistes, etc, ) que vous me conseillez ?



D'avence merci

Fred

--
Fred de Lamotte INRA Montpellier
MacMania Biochimiste Motard

10 réponses

1 2
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patpro ~ Patrick Proniewski
In article
,
Fred wrote:


Quelles sont les applis qui feraient saliver un chimiste (un
protéomistes, etc, ) que vous me conseillez ?



as tu regardé sur <http://www.apple.com/science/> et sur
<http://guide.apple.com/> ?

à tout hasard...

Sinon en Chimie y'avait les produits de Cambridge Soft :
<http://www.cambridgesoft.com/products/>
Mais en fait ils sont windows only maintenant. (ils faisaient encore une
version pour Mac quand les G3 beiges sont sortis)

patpro

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h.sainct
regarde un peu sur OSXApps <http://osx.hyperjeff.net/Apps/> il a une
catégorie "science" et est très oeucuménique (unix, X11 outre le pur
OSX, triable par share/free/payware...)

H.

--
Frédérique & Hervé Sainct, [fr,es,en,it]
Frédérique's initial is missing in front of the above address
l'initiale de Frédérique manque devant l'adresse email ci-dessus
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lestum
patpro ~ Patrick Proniewski wrote:

In article
,
Fred wrote:


Quelles sont les applis qui feraient saliver un chimiste (un
protéomistes, etc, ) que vous me conseillez ?


explore cette adresse
http://mac.softpedia.com/get/Math-Scientific/


ou version tracker

Bonne chasse


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pierre.ducrot
patpro ~ Patrick Proniewski wrote:

In article
,
Fred wrote:


Quelles sont les applis qui feraient saliver un chimiste (un
protéomistes, etc, ) que vous me conseillez ?



as tu regardé sur <http://www.apple.com/science/> et sur
<http://guide.apple.com/> ?

à tout hasard...

Sinon en Chimie y'avait les produits de Cambridge Soft :
<http://www.cambridgesoft.com/products/>
Mais en fait ils sont windows only maintenant. (ils faisaient encore une
version pour Mac quand les G3 beiges sont sortis)


pas du tout, ils ont une version mac OS-X

--
Pierre


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pierre.ducrot
Fred wrote:

Je co-organise un congrès fin Septembre. On attend 600-700 personnes,
des chimistes, des biochimistes, des protéomistes ...
(http://www.scba2005.com).

Là où ça devient intéressant, c'est qu'Apple fournit un Web Café avec
des MacMini en libre service et un ou deux Bipro avec des 30 pouces pour
des démos.

L'idée est de faire tourner un Max d'Applis alléchantes sur les BiPro.

J'ai pas de pb à trouver de bonnes applis orientées BM ou Biochimie
(notamment structurale), mais je sèche pour ce qui concerne la chimie et
la protéomique

Donc, voila ma requête

Quelles sont les applis qui feraient saliver un chimiste (un
protéomistes, etc, ) que vous me conseillez ?


Il y a pas mal d'applications en modélisation moléculaire:
MOE, OpenEye, Schrödinger, ChemDraw, Chem3D et bien d'autres, j'ai un
lien au bureau, je peux te le faire suivre.

--
Pierre

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patpro ~ Patrick Proniewski
In article <1h1qmd4.e1wy7h11p4ugwN%,
(Pierre) wrote:


Sinon en Chimie y'avait les produits de Cambridge Soft :
<http://www.cambridgesoft.com/products/>
Mais en fait ils sont windows only maintenant. (ils faisaient encore une
version pour Mac quand les G3 beiges sont sortis)


pas du tout, ils ont une version mac OS-X



j'ai pas du comprendre l'humour sous-jacent de "ChemOffice is for
Windows only" ;))

Mais j'avoue, je suis passé a coté du ChemDraw pour Mac.

patpro


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pierre.ducrot
Pierre wrote:

Fred wrote:

Je co-organise un congrès fin Septembre. On attend 600-700 personnes,
des chimistes, des biochimistes, des protéomistes ...
(http://www.scba2005.com).

Là où ça devient intéressant, c'est qu'Apple fournit un Web Café avec
des MacMini en libre service et un ou deux Bipro avec des 30 pouces pour
des démos.

L'idée est de faire tourner un Max d'Applis alléchantes sur les BiPro.

J'ai pas de pb à trouver de bonnes applis orientées BM ou Biochimie
(notamment structurale), mais je sèche pour ce qui concerne la chimie et
la protéomique

Donc, voila ma requête

Quelles sont les applis qui feraient saliver un chimiste (un
protéomistes, etc, ) que vous me conseillez ?


Il y a pas mal d'applications en modélisation moléculaire:
MOE, OpenEye, Schrödinger, ChemDraw, Chem3D et bien d'autres, j'ai un
lien au bureau, je peux te le faire suivre.


Désolé, pour ce qui suit, le tout est un peu en vrac, c'est un cc du
mail.

Modélisation Moléculaire:

Docking:
molecular modeling software - [ Traduire cette page ]
Molecular Visualization & Modeling Software ... Molecular Docking.
AutoDock (Unix, Linux, Mac OS-X, source code); Dock (Unix, Linux, source
code) ...
<molvis.chem.indiana.edu/C571_F02/molvis_software.html> - 12k - En cache
- Pages similaires

Pour la vision stereographique, c'est super important pour la
modélisation, tu peux indiquer:
(19 Feb 2003) If you are interested in viewing molecular modelling in 3D
you will be delighted to hear that Stereographics have announced support
for MacOS X, CrystalEyes Workstation for Mac and Monitor ZScreen 2000i
for Mac -Here is a Q&A that should answer any questions you may have
system compatibility.

Le lien suivant contient une liste de soft dispo
Molecular Workbench: Molecular Simulation for Education - [ Traduire
cette page ]
... content-oriented molecular modeling software for use in education.
... Mac OS X users can update to the latest Java through the Software
Update under ...
workbench.concord.org/modeler/ - 6k - 18 avr 2005 - En cache -

(13 Oct 2004) AMBER Instructions for getting AMBER to run under MacOSX
and on a G5 cluster
BLAST Thisversion has been optimised by Apple to afford a considerable
speed improvement
13 Oct 2004) ChemTree is now available for MacOSX it is a statistical
analysis software based on recursive partitioning, that facilitates
intelligent, target specific compound selection for High Throughput
Screening (HTS). The software takes the compound structures and results
from a screen, generates a model that predicts the results based on
molecular features, and applies that model to untested compounds
(18 Jan 2003) Daylight The Daylight toolkit and high performance
cheminformatics database have been ported to MacOSX and is now available
in the latest distribution as a beta test. If you are interested I
suggest you contact Peter Nielsen ().
(25 May 2003)Gaussian 03M is a complete implementation of the popular
Gaussian electronic structure modeling program for the Mac OS X
environment. Also GaussView a full featured graphical user interface is
now available for MacOSX.
MOLMOL A molecule viewer ported to Darwin
OpenBabel is a free, open-source version of the Babel chemistry file
translation program, Open Babel includes two components, a command-line
utility and a C++ library. A MacOSX GUI is also available on the
applescripts link at the top of the page.
(8 Apr 2003) All the Openeye software is available for MacOSX this
includes OMEGA a rapid conformer generator FRED for docking ZAP for
electrostatics ROCS shape mapping, the SHAPE toolkit, FILTER a graph
based filtering tool,VIDA a compound browser and GUI tool, and OEChem a
object oriented programing toolkit for chemistry, new update.
28 Feb 2005) PyMOL A 3D molecule viewer, PyMOL is a powerful molecular
graphics package for structural biology and other sciences has been
optimised for the G5!!. This interactive system is fully scriptable
using the Python computing language, and it is free software. Jim Hu has
created a MacOSX version of the tutorial originally written by Carly
Huitema
Rasmol A 3D molecule viewer ported to Darwin (link provided by Pradeep
Bashya)
(12 Feb 2004) Spartan 04 is now availoable for MacOSX. Wavefunction is
pleased to announce the release of the first version of Spartan for
Macintosh running under OS X optimised for the G4 and G5. This new
version will take full advantage of OS X features such as fully
preemptive multi-tasking, hardware accelerated open GL graphics, and a
multi-button mouse. Through Wavefunction's collaboration with Q-Chem,
this new version also includes anentirely new set of computational
engines offering a host of powerfulmethods not available in previous
Macintosh releases.New Features to Spartan '04 (over Spartan '02):
Graphical User Interface, infrared (IR) spectra plots from calculated IR
data, 13C-NMR plots from Hartree-Fock molecular orbital theory, UV/vis
spectrum plots from Hartree-Fock and CIS or DFT and TDDFT, Spartan
Molecular Database: direct and substructure searching, Display hydrogen
bonds, Automatic on-screen centering of molecules, Inversion of chiral
centers, Help functions available in individual dialogues, Import/Export
of SDF, TGF and SKC files (2D)
(28 Sept 2003)X-score is a scoring function that computes the binding
affinities of ligands to a target protein (Dr. Xueliang Fang and Dr.
Renxiao Wang J. Med. Chem. 2003, 46 2287) whilst it was written for SGI
it compiles fine with either Apples GCC or the IBM c++ compiler,
TINKER a molecular modeling software is a complete and general package
for molecular mechanics and dynamics, with some special features for
polypeptides. TINKER has the ability to use any of several common
parameter sets, such as AMBER-95, CHARMM22, MM2(1991), MM3(2000),
OPLS-AA and OPLS-UA
MacOSX - [ Traduire cette page ]
... electronic structure modeling program for the Mac OS X environment.
... TINKER a molecular modeling software is a complete and general
package for ...
www.macinchem.fsnet.co.uk/macosx.htm - 50k - En cache - Pages similaires

Bibliographie electronique:
SciFinder SciFinder is an easy to use desktop research tool that allows
you to explore research topics, browse scientific journals, and stay up
to date on today's most recent scientific developments. With SciFinder,
no special training is needed. You simply point and click to access more
than 19 million abstracts and 35 million substances.
Bio informatique
STRAP
Structural Alignment Program for Proteins, interactive extendable and
scriptable editor for large protein alignments which integrates amino
acid sequence, secondary structure, 3D-structure and genomic- and
mRNA-sequence; Windows, Mac OSX, Unix, Linux
EMBOSS theEuropean Molecular Biology Open Software Suite is a package of
high-quality FREE Open Source software for sequence analysis.
BLAST Thisversion has been optimised by Apple to afford a considerable
speed improvement
6 Nov 2004) Protein Family Alignment Annotation Tool (PFAAT) Pfaat is a
Java-based protein sequence alignment application designed to facilitate
the analysis, curation, and annotation of large protein sequence
families has recently been updated.
Site Apple
Apple - Downloads - Math & Science - [ Traduire cette page ]
The Math & Science category of Mac OS X Downloads. ... Crystal and
molecular structures visualization software - exclusively for Mac.
02/22/05, 5.1MB ...
www.apple.com/downloads/macosx/math_science/ - 41k - 18 avr 2005 -
En cache - Pages similaires
Workshop San Diego
San Diego 2005 Exposition Workshops - [ Traduire cette page ]
... and our Spartan software, Wavefunctions's industry-leading molecular
modeling ... software now available for Mac OS X. The second half of the
workshop, ...
www.chemistry.org/portal/a/c/s/1/acsdisplay.
html?DOC=meetings%5Cexpositions%5Cworkshop_sd05.html - 44k - En cache -
Pages similaires

Cristallographie
CrystalMaker Software: Crystal and Molecular Structures ... - [ Traduire
cette page ]
Home page for CrystalMaker Software Ltd: crystal & molecular structures
... We provide elegant and powerful scientific software for Mac OS X and
Windows XP. ...
www.crystalmaker.com/ - 9k - En cache - Pages similaires




--
Pierre


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Fred
In article <1h1pv9k.162rbgdmc0zkN%,
(Michel Le Stum) wrote:

patpro ~ Patrick Proniewski wrote:

In article
,
Fred wrote:


Quelles sont les applis qui feraient saliver un chimiste (un
protéomistes, etc, ) que vous me conseillez ?


explore cette adresse
http://mac.softpedia.com/get/Math-Scientific/


ou version tracker

Bonne chasse


Merci à tous

Je fouille la dedans

Mais en fait, ce que j'aimerai, c'est des Killer App dans chaque
domaine, le genre d'appli qui tu laisse sur le Q et qui te pousse à
switcher
Pour la Bioch, j'ai mes idées, pour le reste, je suis toujours à la
recherche de conseils

Meric et A+

Fred

--
Fred de Lamotte INRA Montpellier
MacMania Biochimiste Motard



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pierre.ducrot
patpro ~ Patrick Proniewski wrote:

In article <1h1qmd4.e1wy7h11p4ugwN%,
(Pierre) wrote:


Sinon en Chimie y'avait les produits de Cambridge Soft :
<http://www.cambridgesoft.com/products/>
Mais en fait ils sont windows only maintenant. (ils faisaient encore une
version pour Mac quand les G3 beiges sont sortis)


pas du tout, ils ont une version mac OS-X



j'ai pas du comprendre l'humour sous-jacent de "ChemOffice is for
Windows only" ;))


comprends pas... regarde ceci, ça vient de google


ChemDraw Ultra 9.0 Englisch Mac OS Mac OS X Win2000 Win98 WinME ...

Cambridgesoft: ChemDraw Ultra 9.0 Englisch Mac OS Mac OS X Win2000 Win98
WinME WinNT WinXP (S1073) in 'CambridgeSoft' > 'ChemDraw Ultra':
Preiswerte online ...
www.mercateo.com/.../ChemDraw_Ultra_9_0_
Englisch_Mac_OS_Mac_OS_X_Win2000_Win98_WinME_WinNT_WinXP.html - 29k -


--
Pierre



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firstname
Pierre wrote:


comprends pas... regarde ceci, ça vient de google


ChemDraw Ultra 9.0 Englisch Mac OS Mac OS X Win2000 Win98 WinME ...


Chemdraw Ultra n'est qu'un composant de Chem Office.

--
Florian

"Tout est au mieux dans le meilleur des mondes possible"
Voltaire, caricaturant Leibniz

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