Avant de nous proposer les licences Wolfenstein ou encore Doom, le studio de développement id Software avait planché sur des jeux de plates-formes. Commander Keen fait partie des premiers titres de l'équipe fondée par John Carmack et John Romero, sorti en 1990 sur DOS.

Super Mario Bros 3 PC À l'occasion des 25 ans de Commander Keen, Romero a publié une vidéo particulièrement intéressante qui affiche une démo de Super Mario Bros 3 adapté sur PC. Ce projet a été mis en chantier par Carmack en 1990, puisqu'il avait réussi à développer une technologie ayant la capacité d'afficher un scrolling fluide et dans toutes les directions sur PC.

À partir de cette démo, Carmack s'est offert l'aide de Tom Hall, programmeur qui a remplacé le sprite de Mario par celui de Dangerous Dave, un personnage créé par John Romero dans l'un de ses anciens jeux. Pour le coup, la démo a été baptisée Dangerous Dave in Copyright Infringement, puis présentée à Nintendo pour convaincre ce dernier d'adapter SMB 3 sur PC. L'éditeur japonais avait refusé ce projet puisqu'il préférait conserver ses licences sur ses propres machines. Une seconde version proposant les sprites de Nintendo a également été présentée, sans plus de succès.

Suite à cette décision, Carmack et Romero se sont tournés vers l'éditeur Apogee Software et ont pu former le studio id Software, puis se sont mis en chantier sur la création de Billy Blaze et du jeu qui le met en scène : Commander Keen.