Bien que totalement inédit, le scénario de ce troisième épisode intitulé Naruto RPG 3 Reijû VS Konoha Shôtai vous demandera une nouvelle fois de défendre le village de Konoha. Ce dernier est en effet assiégé par de terribles Ninjas du néant. Leur chef, Genshô, est connu sous le nom de génie ninja et son nom est craint de tout dans le pays.

En ce qui concerne le gameplay, on ne devrait pas retrouver de gros changements dans le système de combats. Par ailleurs, le jeu tirera parti des spécificités de la portable de Nintendo puisqu'il proposera de belles illustrations affichées sur l'ensemble des deux écrans.

Edité par Tomy, il sera également possible de réaliser des zooms sur les personnages lors des affrontements. D'autre part, on devrait retrouver des phases de jeu de type plate-formes / action en vue latérale. Par contre, aucune information n'a filtré concernant les différences avec les phases classiques d'exploration.

La date de sortie de Naruto RPG 3 Reijû VS Konoha Shôtai est fixée au 13 juillet 2006 au Japon sur Nintendo DS.