À quelques semaines de sa sortie sur PS3 et Xbox 360, le soft pourrait éventuellement être développé sur Nintendo 3DS à terme. Ryota Niitsuma, le directeur et producteur de Marvel Vs Capcom 3, souligne que l'adaptation de son jeu sur la prochaine console portable de Nintendo est relativement difficile en raison du volume de données, ainsi qu'une certaine puissance graphique pour afficher les six personnages dans un combat. Il ajoute :
« Je ne sais pas si le fait que cette vision en 3D soit confortable dans le cas présent pour le joueur. Il y a quelques éléments à penser. Ce n'est évidemment pas impossible, mais cela exige un peu de réflexion ».
