En intégrant le
framework WDF et le Kernel Patch Protection (ou Patchguard), Microsoft assure une plus grande stabilité système. Mais pour y parvenir, Microsoft a dû verrouiller le noyau de Vista en contrôlant de manière draconienne l’installation des pilotes matériels. Ce qui a eu pour conséquence de fortement compliquer la tâche des développeurs d’applications. Puisque certaines applications installent des pilotes ou des modules au sein même du noyau. C’est par exemple le cas des logiciels dédiés à la protection du système (pare-feu, antivirus, etc.), ceux-ci intégrant pour la plupart un système de surveillance en temps réel (système proactif) permettant de surveiller des fichiers système ou encore l’activité réseau. Ce qui explique en partie le grand nombre d’incompatibilités logicielles (
antivirus, antirootkit, antispyware, pare-feu, etc.) qui a eu lieu lors de la sortie de Windows Vista. Symantec ne proposant que depuis peu le support de Windows Vista avec sa gamme de logiciels dédiés à la protection. D’autres applications telles que Norton Partition Image restant encore incompatible à l’heure ou nous rédigeons cet article.

Très apprécié par les utilisateurs d'ordinateurs portables,Notebook Hardware Control ne supporte Vista que depuis peu.Mais d’autres applications restent incompatibles. Nous citerons par exemple les logiciels permettant d’identifier les composants d’un PC, les logiciels de monitoring et de contrôle comme Notebook Hardware Control qui est depuis peu compatible. Mais aussi les lecteurs virtuels, les logiciels d’optimisation, de maintenance (partitionnement, défragmentation, etc.) ou encore les logiciels de nettoyage et de réparation système, comme la base de registres.
Prince of Persion troisième du nom a fait parti des jeux ayant posé des problèmes
de compatibilité avec Windows Vista.
Certaines protections de logiciels ont également montré des signes d’incompatibilité. Ce fut le cas de certaines versions de SecuROM ou la très controversée protection StarForce, dont le fonctionnement exige l’installation d’un pilote au sein du noyau. Pour résoudre ce problème,
StarForce propose une mise à jour pour les anciens jeux, les derniers jeux ne posant aucun problème.
GameJackal, un logiciel permettant de passer outre les protections pour jouer à vos jeux sans insérer le DVD à chaque fois, et aujourd’hui propriété de la société Slysoft qui édite notamment AnyDVD ou encore CloneDVD, est lui aussi incompatible.
Mais fort heureusement, la plupart des applications courantes proposent aujourd’hui des mises à jour offrant un support de Vista, et les applications incompatibles se réduisent de plus en plus.

très pratique pour éviter de transporter ses CD et DVD de jeux, GameJackal est à ce jour
toujours incompatible avec Windows Vista. récemment acheté par SlySoft,
nul doute qu'une prochaine version compatible verra le jour.
Toutefois, si une de vos applications ne supporte pas officiellement Vista, tout n’est perdu pour autant puisque tout comme Windows XP, Vista propose un mode de compatibilité permettant d’émuler l’environnement d’une ancienne édition de Windows. Il suffit tout simplement d’ouvrir les propriétés de l’exécutable de l’application incriminée, puis l’onglet Compatibilité pour enfin paramétrer le mode d’exécution de l’application. Vous aurez le choix entre Windows 95, 98, NT4, 2000/2003 et XP SP2. Il est également possible d’adapter certains paramètres tels que la résolution à utiliser pour lancer l’application, la désactivation de la composition du bureau, des thèmes visuels ou de la mise à l’échelle de l’affichage pour les résolutions élevées.
D'autres logiciels refusent d'être installés. il faut donc se tourner vers des versions plus récentes.