Au programme, l'intégralité du contenu de l'épisode initial sera réutilisé pour cette réédition DS, tout en proposant des fonctionnalités inédites. Selon les indications communiquées, il sera possible de monter sa propre unité en customisant chaque combattant à sa guise, tant au niveau de son allure que sa classe. Le jeu comportera deux scénarios principaux : le plus important d'entre-eux fera office de prologue dans lequel vous combattrez avec votre unité préalablement créée aux côtés de Marth, le héros du jeu. L'autre histoire sera annexe et s'amorcera selon certaines conditions de bataille, dans l'optique de découvrir une nouvelle carte.
Fire Emblem : Mystery of the Emblem - Hero of Light and Shadow sera commercialisé le 15 juillet au Japon, sur Nintendo DS.