Pour son lancement, la Wii U est déclinée en 2 configurations au gré de 3 packs. La version blanche qui vient avec le pack "basique" n'intègre que 8 Go d'espace de stockage tandis que la version noire de la console est dotée de 32 Go de mémoire Flash interne.
Toutefois, après formatage de cet espace, il ne reste plus que 7.2 Go et 29 Go. Ensuite, 4.2 Go sont occupés par des données préinstallées sur le système comme des données relatives à votre compte utilisateur pour l'accès au magasin en ligne et à Miiverse.
L'utilisateur n'aura donc que 3 Go d'espace à sa disposition sur la version 8 Go et 25 Go sur la version 32 Go.
Un jeu comme Nintendoland pèse 3.2 Go et ne pourra donc être installé sur la version "basique" qui pourra toutefois accueillir un jeu tel que New Super Mario Bros (2 Go).
De surcroît, Nintendo a promis que tous les jeux vendus au détail seraient disponibles au téléchargement le même jour. Le calcul est vite fait : un disque optique de la Wii U peut contenir 25 Go de données.
Reste la possibilité d'ajouter une clef USB ou bien un disque dur USB via le port idoine de la Wii U (les cartes SD ne peuvent, elles, pas être utilisées pour stocker des données relatives aux jeux). Mais dans ce dernier cas, Nintendo avertit les utilisateurs que les mémoires USB ne sont pas conseillées dans la mesure où elles affectent négativement l'expérience de jeu à cause de débits d'écriture et de lecture trop faibles.
Récemment, ce sont les tablettes Surface qui se sont révélées n'offrir qu'un espace limité aux utilisateurs.