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problème de charge disque

59 réponses
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Gaëtan PERRIER
Bonjour,

J'utilise une debian testing, pour l'instant bloqu=E9e en stable, donc ce n=
'est
pas une installation r=E9cente. Depuis quelques temps je rencontre des prob=
l=E8mes
de charge disque =E0 certains moments. Par exemple quand je ferme certaines
applications (gthumb, gedit, ...) j'ai une forte activ=E9 disque (100%) pen=
dant
quelques secondes. Autre exemple, Virtualbox. Quand celui-ci fait des acc=
=E8s
disques =E7a monte =E0 100% pendant tout le temps d'un download internet, e=
tc.

Bref j'y perds le peu de latin que j'ai ...

Je ne sais pas par quel bout prendre le probl=E8me pour en trouver la cause.
Auriez-vous une id=E9e ?

Ga=EBtan

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Francois Lafont
Le 01/05/2015 22:10, Gaëtan PERRIER a écrit :

J'ai regardé du côté du firmware s’il n'y avait pas une mise à jour.
Sur le site de seagate ça me dit que non mais si je recherche mon modèle
(ST2000DM001-1E6164) sur internet je vois une version de firmware CC45
alors que le mien est en CC28 ...



Si c'était un problème de firmware, j'aurais tendance à penser que tu aurais
des perfs pourries depuis le début ce qui n'est pas le cas il me semble, non ?

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François Lafont

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Sylvain L. Sauvage
Le samedi 2 mai 2015, 01:52:37 Francois Lafont a écrit :
[…]
Si c'était un problème de firmware, j'aurais tendance à penser
que tu aurais des perfs pourries depuis le début ce qui n'est
pas le cas il me semble, non ?



Pas forcément, un bogue peut avoir des effets cumulatifs.

--
Sylvain Sauvage

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Sylvain L. Sauvage
Le samedi 2 mai 2015, 01:48:27 Francois Lafont a écrit :
[…]
Au passage, je suis surpris du temps %CPU utilisé pour les
écritures séquentielles en mode « par caractères » : 97% dans
mon cas et toi tu avais 79%. Alors qu'en mode par blocs par
exemple ça retombe à 7%. Si quelqu'un a une explication sur
ce phénomène, je serais curieux de la connaître.



Lecture par caractères : il y a des tampons, donc le disque
n’est sollicité que lorsque les tampons sont vides, pendan t ce
temps-là, le CPU mouline à fond sur les tampons en les lisant
caractère par caractère. Le processus passe son temps à
travailler sur les caractères, pas en E/S.

Lecture par blocs : les tampons sont consommés plus vite,
voire immédiatement, le processus attend que les tampons soient
renouvelés, le CPU se repose. Le processus passe son temps en
E/S, pas en travail sur les blocs.

--
Sylvain Sauvage

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mireero
On 05/01/2015 06:40 PM, Gaëtan PERRIER wrote:
Le Fri, 01 May 2015 14:48:20 +0200
mireero a écrit:

On 05/01/2015 02:30 PM, Gaëtan PERRIER wrote:
Tu peux aussi faire des tests d'écriture sur chacun de tes disques
pour te faire une comparaison?




De quelle manière ?



Peut-être hdparm -tT /dev/disk
et dd if=/dev/zero of=/dossier/sur/le/disque bs=(au choix).

J'imagine qu'il y a mieux comme benchmark mais ça pourrait être un début.




rien d'anormal en écriture:
dd if=/dev/zero of=/home/gpe/temp.zero bs=1M count000
10000+0 enregistrements lus
10000+0 enregistrements écrits
10485760000 octets (10 GB) copiés, 68,9717 s, 152 MB/s

en lecture je doute que ce test soit pertinent vu les perf qu'il indique:
dd if=/home/gpe/temp.zero of=/dev/null bs=1M count000
10000+0 enregistrements lus
10000+0 enregistrements écrits
10485760000 octets (10 GB) copiés, 1,01603 s, 10,3 GB/s

Gaëtan




Salut,
Je suis d'accord avec les autres avec les autres pour dire qu'ici "dd"
ne te sera pas d'une grande aide vu qu’apparemment ce sont les temps de
latence qui sont en cause (tu pourrais coder avec dd pour les mesurer si
l'envie t'en prenait).

Ceci étant dit, ton dernier résultat ma surpris alors j'ai lancé la
commande 2 fois:

dd if=temp.zero of=/dev/null bs=1M
1000+0 records in
1000+0 records out
1048576000 bytes (1.0 GB) copied, 10.3383 s, 101 MB/s

dd if=temp.zero of=/dev/null bs=1M
1000+0 records in
1000+0 records out
1048576000 bytes (1.0 GB) copied, 0.182041 s, 5.8 GB/s

Il semble que lors de la 2ème commande, le résultat soit toujours en
cache (soit 1Gb de 0 en mémoire soit le système est un peu plus
intelligent et à la manière de ce qui a été dit, il enregistre
l'information "il y a 1073741824 octets qui se suivent avec une valeur
nulle").

Par contre, écrire un 3 dans /proc/sys/vm/drop_caches ne me donne pas
satisfaction (ça change rien!), j'avoue mon ignorance ici.

Tu peux copier un autre fichier avec dd, pour éviter le résultat
ci-dessus, et pour éviter la suite de 0 si pour quelque raison elle
était gênante (j'éviterai /dev/urandom, le processeur devient le facteur
limitant dans ce cas, du moins chez moi), tu peux prendre une archive,
un divx...

Bon week-end!

--
mireero

--
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Sylvain L. Sauvage
Le vendredi 1 mai 2015, 21:50:54 Gaëtan PERRIER a écrit :
[…]
Bonnie++ donne quoi sur vos machines, histoire d'avoir un
point de comparaison ?



De mes machines, je pense que celle-ci est comparable : 2x3 To
(>2 ans) en RAID-1, ext4, sur un poussif Athlon II (>5 ans),
Sid.

--8<-- csv --8<--
1.97,1.97,xxxx,1,1430494803,7672M,,791,96,107497,22,45049,12,4238,85,13 9473,21,378.6,17,16,,,,,
+++++,+++,+++++,+++,+++++,+++,+++++,+++,+++++,+++,+++++,
+++,16276us,888ms,201ms,37010us,75011us,272ms,39846us,1142us,839us,274u s,43us,344us
-->8--

Note : La valeur par défaut pour la taille des fichiers est de
8 Gio mais elle est automatiquement ajustée pour la RAM de la
machine. (Cf. mon exemple : 7672 Mio parce que la RAM est de
4 Gio. Sur une autre machine qui a seulement 256 Mio de RAM, la
valeur auto est de 488 Mio.)
Ça n’a pas beaucoup d’incidence sur les rés ultats mais c’est à
savoir pour ceux qui voudraient comparer au poil près.

--
Sylvain Sauvage

--
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Gaëtan PERRIER
Le Sat, 02 May 2015 01:48:27 +0200
Francois Lafont a écrit:


Au passage, je suis surpris du temps %CPU utilisé pour les écritures
séquentielles en mode « par caractères » : 97% dans mon cas et to i tu
avais 79%. Alors qu'en mode par blocs par exemple ça retombe à 7%. Si
quelqu'un a une explication sur ce phénomène, je serais curieux de la
connaître.



ça ne me semble pas incohérent. En mode caractères tu écris un par un alors
qu'en mode blocs tu passes dec blocs complets, non ?


Bref, pour en revenir à ton problème, je trouve quand même curieux que
du jour au lendemain tu te retrouves avec des perfs pourries comme ça.
J'ai du mal à imaginer un problème matériel (mais j'ai peut-être tort)
et je pense que si tu avais fait des modifs particulières au niveau des
disques (genre options de montages etc.) tu n'aurais pas manqué de nous
le signaler.



Non rien fait de particulier. Au début j'ai commencé à m'apercevoir q ue
tracker monopolisait beaucoup de temps sur la machine. Je l'ai mis en cause (y
a eu un fil sur la liste à ce sujet). Ensuite je me suis décidé à l e virer
mais même si c'était mieux j'avais toujours des lags.

Tu ne sais pas si tes problèmes de perfs sont apparues au
même moment qu'une mise à jour particulière ou qu'une install parti culière
par hasard ? À moins que l'apparition des perfs pourries se soient
faites petit à petit ?



Je ne sais pas dire exactement mais j'ai l'impression que c'est venu d'un c oup
au moment ou j'ai incriminé tracker. Donc possible que ce soit lié à une mise
à jour.


N'y aurait-il pas un process qui tourne en arrière plan et qui sollicite
ton disque sans arrêt de sorte que ça te plombe tes I/O ?



Non le disque ne semble pas être sollicité en permanence mais réguli èrement
iotop me montre kworker, atop ne montre pas une charge dessus quand je ne f ais
rien. De même pour iostat.

Attention, il
ne faut pas se limiter à la partition /home de ton disque mais à bien
regarder sur toutes les partitions de ton disque. Parce que si une
partition se fait bourriner sans arrêt par un process ça va impacter
toutes les partition du disque forcément (vu qu'au final c'est la même
tête de lecture qui trinque).



Avant j'avais 3 partitions sur ce disque (home, tmp, srv). Cette nuit j'ai
passé tmp en tmpfs. Il ne reste donc que home et srv.
Sur srv j'ai juste un petit serveur ftp accessible localement uniquement.
Donc il ne reste des accès que sur home (confirmé par iostat)

Pour écarter ce genre d'hypothèse, perso,
je pense qu'à ta place je redémarrerais le système en mode « reco very »
avec juste une console root (le truc le plus minimaliste possible quoi),
ensuite je démonterais *toutes* les partitions du disque suspect, puis
je remonterais uniquement la partition /home mais au niveau d'un répert oire
différent de /home justement (par exemple /home_tmp) puis je tenterais un
nouveau test bonnie++ (exactement le même que celui que tu as déjà effectué
précédemment).



Pourquoi pas. Je vais essayer des que je peux.
D'ailleurs tu lances bonnie++ avec quelles options ?


Je vois que ton disque contient les partitions /home, /tmp et /srv si je ne
dis pas de bêtise. Par exemple, /srv, il te sert à quelque chose ? Il y a des
trucs qui tournent là-dessus ?



Voir plus haut dans ma réponse.

Gaëtan

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Ga
Le Sat, 02 May 2015 10:43:31 +0200
"Sylvain L. Sauvage" a écrit:

Le vendredi 1 mai 2015, 21:50:54 Gaëtan PERRIER a écrit :
>[…]
> Bonnie++ donne quoi sur vos machines, histoire d'avoir un
> point de comparaison ?

De mes machines, je pense que celle-ci est comparable : 2x3 To
(>2 ans) en RAID-1, ext4, sur un poussif Athlon II (>5 ans),
Sid.

--8<-- csv --8<--
1.97,1.97,xxxx,1,1430494803,7672M,,791,96,107497,22,45049,12,4238,85,139473,21,378.6,17,16,,,,,
+++++,+++,+++++,+++,+++++,+++,+++++,+++,+++++,+++,+++++,
++
+,16276us,888ms,201ms,37010us,75011us,272ms,39846us,1142us,839us,274us,43us,344us
-->8--

Note : La valeur par défaut pour la taille des fichiers est de
8 Gio mais elle est automatiquement ajustée pour la RAM de la
machine. (Cf. mon exemple : 7672 Mio parce que la RAM est de
4 Gio. Sur une autre machine qui a seulement 256 Mio de RAM, la
valeur auto est de 488 Mio.)
Ça n’a pas beaucoup d’incidence sur les résultats mais c’est à
savoir pour ceux qui voudraient comparer au poil près.




C'est sur que du coup chez moi ça fait quand même un fichier de 32 Gio ...

Gaëtan

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Ga
Le Sat, 02 May 2015 08:45:05 +0200
mireero a écrit:

On 05/01/2015 06:40 PM, Gaëtan PERRIER wrote:
> Le Fri, 01 May 2015 14:48:20 +0200
> mireero a écrit:
>
>> On 05/01/2015 02:30 PM, Gaëtan PERRIER wrote:
>>>> Tu peux aussi faire des tests d'écriture sur chacun de tes disques
>>>>> pour te faire une comparaison?
>>> De quelle manière ?
>>
>> Peut-être hdparm -tT /dev/disk
>> et dd if=/dev/zero of=/dossier/sur/le/disque bs=(au choix).
>>
>> J'imagine qu'il y a mieux comme benchmark mais ça pourrait être un début.
>>
>
> rien d'anormal en écriture:
> dd if=/dev/zero of=/home/gpe/temp.zero bs=1M count000
> 10000+0 enregistrements lus
> 10000+0 enregistrements écrits
> 10485760000 octets (10 GB) copiés, 68,9717 s, 152 MB/s
>
> en lecture je doute que ce test soit pertinent vu les perf qu'il indique:
> dd if=/home/gpe/temp.zero of=/dev/null bs=1M count000
> 10000+0 enregistrements lus
> 10000+0 enregistrements écrits
> 10485760000 octets (10 GB) copiés, 1,01603 s, 10,3 GB/s
>
> Gaëtan
>

Salut,
Je suis d'accord avec les autres avec les autres pour dire qu'ici "dd"
ne te sera pas d'une grande aide vu qu’apparemment ce sont les temps de
latence qui sont en cause (tu pourrais coder avec dd pour les mesurer si
l'envie t'en prenait).

Ceci étant dit, ton dernier résultat ma surpris alors j'ai lancé la
commande 2 fois:

dd if=temp.zero of=/dev/null bs=1M
1000+0 records in
1000+0 records out
1048576000 bytes (1.0 GB) copied, 10.3383 s, 101 MB/s

dd if=temp.zero of=/dev/null bs=1M
1000+0 records in
1000+0 records out
1048576000 bytes (1.0 GB) copied, 0.182041 s, 5.8 GB/s

Il semble que lors de la 2ème commande, le résultat soit toujours en
cache (soit 1Gb de 0 en mémoire soit le système est un peu plus
intelligent et à la manière de ce qui a été dit, il enregistre
l'information "il y a 1073741824 octets qui se suivent avec une valeur
nulle").

Par contre, écrire un 3 dans /proc/sys/vm/drop_caches ne me donne pas
satisfaction (ça change rien!), j'avoue mon ignorance ici.

Tu peux copier un autre fichier avec dd, pour éviter le résultat
ci-dessus, et pour éviter la suite de 0 si pour quelque raison elle
était gênante (j'éviterai /dev/urandom, le processeur devient le facteur
limitant dans ce cas, du moins chez moi), tu peux prendre une archive,
un divx...




De toute façon on a vu que le problème n'est pas sur un débit continu (les
débits sont bons) mais sur les temps d'accès.

Gaëtan

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Sylvain L. Sauvage
Le samedi 2 mai 2015, 15:42:47 Gaëtan PERRIER a écrit :
[…]
C'est sur que du coup chez moi ça fait quand même un fichie r
de 32 Gio ...



Non, ça fait 32 fichiers d’1 Gio :o)

Je n’ai pas fait énormément de tests mais sur mon N AS ARM à
256 Mio de RAM, bonnie++ à 488 Mio ou à 8 Gio ça ne chan ge pas
significativement les valeurs.

--
Sylvain Sauvage

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Francois Lafont
Le 02/05/2015 06:32, Sylvain L. Sauvage a écrit :

Lecture par caractères : il y a des tampons, donc le disque
n’est sollicité que lorsque les tampons sont vides, pendant ce
temps-là, le CPU mouline à fond sur les tampons en les lisant
caractère par caractère. Le processus passe son temps à
travailler sur les caractères, pas en E/S.

Lecture par blocs : les tampons sont consommés plus vite,
voire immédiatement, le processus attend que les tampons soient
renouvelés, le CPU se repose. Le processus passe son temps en
E/S, pas en travail sur les blocs.



Merci pour les explications. Je comprends l'idée mais j'avoue ne
pas trop comprendre en quoi une lecture nécessite un travail (un
calcul) du CPU en fait.

--
François Lafont

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