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cauchemar
Bonjour,

faut-il vraiment continuer =E0 former des informaticiens ? Car si
j'ai bien compris, nous manquons toujours de plombiers ...
Et l=E0 c'est pas que open source !

Cauchemar !

10 réponses

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Blaise Potard
Manuel Leclerc wrote:

Des différences, il y en a. Plein. Partout. Entre vous et moi. Entre
un homme et une femme. Entre un squelette et un autre. La question
porte sur la nature des différences, sur leurs répartitions, sur leurs
corrélations. Et je me moque de ce qu'on sait sur les groupes sanguins.
Ca n'a jamais été le sujet du racisme.


Y avait un article qui a l'air (pour autant que je puisse en juger)
relativement sérieux, sorti il y a quelques années dans Science, qui
faisait justement une étude statistique sur un certains nombre de loci
génétiques sur un milliers d'individus provenants de 52 populations
différentes. Ils avaient apparemment montré qu'on pouvait partionner
(par des techniques de clustering) les populations humaines en 5
groupes, correspondant à peu de choses près aux « races humaines »
traditionnelles.

Tiens, il y a même un pdf du papier, pour ceux que ça intéresse :

<http://pritch.bsd.uchicago.edu/publications/RosenbergEtAl02.pdf>

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Laurent BERNE

Tiens, il y a même un pdf du papier, pour ceux que ça intéresse :

<http://pritch.bsd.uchicago.edu/publications/RosenbergEtAl02.pdf>


où comment interpréter un document à son compte quand on sais pas de
quoi on parle ?(c'est pas la première fois sur ce groupe vous me
direz..)

C'est quoi un gène à votre avis ? une séquence d'ADN fixe et immuable ?
dans ce cas là, on serait tous identiques modulo les différences
d'environnements

C'est d'autant plus marrant que il existe un phénomène similaire dans
le monde du logiciel : la notion d'implémentation.

Un gène, c'est une information pour aboutir à une molécule qui apporte
une fonctionnalité. Au sein d'une même espèce, il y a plusieurs
variation du même gène. On appelle cela des allèles. Allez je vais oser
une très mauvaise comparaison : ce sont des "distributions" différentes
du gène. A l'instar de Linux où il existe plusieurs variations, il
existe par nature plusieurs variation d'un même gène.

L'article parle bien sur de la répartition géographique de ces allèles.
Ca veut dire que pour un gène donné, on tente de placer sur une carte
la localisation de ses différents allèles.. Ce que l'article ne dit pas
non plus, c'est qu'il n'y a jamais 100% d'un allèle à un lieu donné.
Donc je réitère : gènome strictement identique.

Là où votre interprétation de l'article est fausse, c'est qu'il y a
bien plus de population que les "5" prétendues races.
La seul chose qu'il dit, c'est que si l'on choisit ARBITRAIREMENT de
séparer l'espèce humaines en 5 groupes, on obtient grosso modo la
répartition du monde..
Il est dit aussi que si l'on cherche à séparer en deux groupes(K=2), on
obtient seulement deux populations "les africains et les américains".
Et que si on fixe toujours arbitrairement le nombre de sous groupe à 6,
apparait une nouvelle population "Kalash"
Ce qui m'interpelle, c'est que les résultats de l'algorithme n'ont pas
été publiés pour des valeurs supérieures de K..(quels résultats à K= 25
par exemple ?)


Rien qu'en France, les basques présentent une population génétique bien
définie et bien particulière. (d'ailleurs, ils sont apparus comme
population individuelle aussi dans l'article)

en plus.. 1056 individus pour représenter la variabilité de l'espèce
humaine (combien de milliard de combinaisons possibles ???)
D'ailleurs, l'article mentionne du fait que l'échantillon a justément
été choisi sur des critères d'appartenance de populations bien
précises, les résultats sont bien plus distinctifs que si l'échantillon
avait été choisi sur une base aléatoire (je cite "sizes. Because
sampling was population based, the sample likely produced clusters that
were more distinct than would have been found in a sample with random
worldwide representation")

--
Ce n'est pas parce que tu touches le fond que tu dois t'arrêter de
creuser

Avatar
Blaise Potard
Laurent BERNE wrote:

Tiens, il y a même un pdf du papier, pour ceux que ça intéresse :

<http://pritch.bsd.uchicago.edu/publications/RosenbergEtAl02.pdf>



où comment interpréter un document à son compte quand on sais pas de
quoi on parle ?(c'est pas la première fois sur ce groupe vous me direz..)


Je ne l'ai pas interprété à mon compte, hein. D'une part, tu n'as aucune
idée de mon opinion sur la question (vu que c'est la première fois que
j'interviens dans ce fil), et d'autre part j'ai été, il me semble,
particulièrement neutre (en tout cas pour un troll). Et je reconnais
tout à fait que c'est n'est pas du tout mon domaine.

C'est quoi un gène à votre avis ? une séquence d'ADN fixe et immuable ?
dans ce cas là, on serait tous identiques modulo les différences
d'environnements


[snip le cours de génétique de terminal]

Oui, quitte à ressortir le cours de génétique niveau lycée, tu pourrais
aussi préciser que l'ADN est loin d'être constitué uniquement de gènes,
et à ma connaissance on ne sait toujours pas trop à quoi sert le reste
(ce qui me fait le plus rigoler, c'est que beaucoup de gens pensaient
que ça ne servait « à rien ». Je me demande comment des gens on pu
prendre une telle hypothèse au sérieux).

L'article parle bien sur de la répartition géographique de ces allèles.
Ca veut dire que pour un gène donné, on tente de placer sur une carte
la localisation de ses différents allèles.. Ce que l'article ne dit pas
non plus, c'est qu'il n'y a jamais 100% d'un allèle à un lieu donné.
Donc je réitère : gènome strictement identique.

Là où votre interprétation de l'article est fausse, c'est qu'il y a bien
plus de population que les "5" prétendues races.


Ai-je dit le contraire ? J'ai dit qu'ils arrivaient à grouper les
populations humaines en 5 groupes, et que ces groupes correspondaient à
peu près (comme par hasard), aux « races » au sens américain du terme,
i.e. l'origine géographique. J'aurais bien aimé que tu me dises que cet
article était particulièrement biaisé ou je ne sais quoi, mais
apparemment non.

La seul chose qu'il dit, c'est que si l'on choisit ARBITRAIREMENT de
séparer l'espèce humaines en 5 groupes, on obtient grosso modo la
répartition du monde..


Oui, je n'ai pas dit le contraire :
<quote>
Ils avaient apparemment montré qu'on pouvait partionner
(par des techniques de clustering) les populations humaines en 5
groupes, correspondant à peu de choses près aux « races humaines »
traditionnelles.
</quote>

Bon, allez, j'admet avoir fait une erreur en mettant « les populations
humaines », j'aurais du mettre « des ». Et effectivement, je n'ai pas
été très précis, mais ce ne serait plus un troll, autrement :)

Il est dit aussi que si l'on cherche à séparer en deux groupes(K=2), on
obtient seulement deux populations "les africains et les américains".
Et que si on fixe toujours arbitrairement le nombre de sous groupe à 6,
apparait une nouvelle population "Kalash"
Ce qui m'interpelle, c'est que les résultats de l'algorithme n'ont pas
été publiés pour des valeurs supérieures de K..(quels résultats à K= 25
par exemple ?)


Bah, ça ne devait pas correspondre à un résultat « intéressant ». Et les
résultats pas intéressant, ça passe à la trappe.

Rien qu'en France, les basques présentent une population génétique bien
définie et bien particulière. (d'ailleurs, ils sont apparus comme
population individuelle aussi dans l'article)

en plus.. 1056 individus pour représenter la variabilité de l'espèce
humaine (combien de milliard de combinaisons possibles ???)
D'ailleurs, l'article mentionne du fait que l'échantillon a justément
été choisi sur des critères d'appartenance de populations bien précises,
les résultats sont bien plus distinctifs que si l'échantillon avait été
choisi sur une base aléatoire (je cite "sizes. Because sampling was
population based, the sample likely produced clusters that were more
distinct than would have been found in a sample with random worldwide
representation")


Oui, il est évident que prendre 1000 individus pour représenter 52
populations (donc en moyenne une vingtaine d'individus par populations),
ça ne peut pas être suffisant pour être statistiquement pertinent. Mais
personne n'a prétendu le contraire (même pas moi, alors que pourtant je
voulais faire le troll).


Avatar
Laurent BERNE

[snip le cours de génétique de terminal]
C'est le plus petit dénominateur commun que je peux utiliser ici..


Oui, quitte à ressortir le cours de génétique niveau lycée, tu pourrais
aussi préciser que l'ADN est loin d'être constitué uniquement de gènes,
Non, y'a les séquences d'initialisations, de régulations, les parties

qui ne servent aussi qu'à la réplication, des sites de fixations au
matériel enzymatique,des sites de fixations aux télomères, ce genre de
choses....

et à ma connaissance on ne sait toujours pas trop à quoi sert le reste
(ce qui me fait le plus rigoler, c'est que beaucoup de gens pensaient
que ça ne servait « à rien ». Je me demande comment des gens on pu
prendre une telle hypothèse au sérieux).
Si on sait.. le principe des introns et des exons. C'est pour la

stabilité du génôme.
Ca joue sur un principe statistique qui consiste à dire que plus la
quantité d'ADN est longue, plus la probabilité qu'une mutation altère
une séquence vitale est petite.
Paradoxalement, c'est aussi un vivier pour faire apparaitre des
nouvelles mutations qui pourrait être interressante.
Doit aussi certainent y'avoir d'autre fonctionnalités, mais on connait
déjà ces deux là..
J'ai revérifier y'a pas longtemps(le sujet revient bizarrement de façon
récurrente..), c'était déjà clairement explicité dans ma vieille
édition des années 80 de l'encyclopaedia universalis.
C'est marrant ces idées reçues qui ont la vie dure..


L'article parle bien sur de la répartition géographique de ces allèles. Ca
veut dire que pour un gène donné, on tente de placer sur une carte la
localisation de ses différents allèles.. Ce que l'article ne dit pas non
plus, c'est qu'il n'y a jamais 100% d'un allèle à un lieu donné.
Donc je réitère : gènome strictement identique.

Là où votre interprétation de l'article est fausse, c'est qu'il y a bien
plus de population que les "5" prétendues races.


Ai-je dit le contraire ? J'ai dit qu'ils arrivaient à grouper les
populations humaines en 5 groupes, et que ces groupes correspondaient à
peu près (comme par hasard), aux « races » au sens américain du terme,
i.e. l'origine géographique. J'aurais bien aimé que tu me dises que cet
article était particulièrement biaisé ou je ne sais quoi, mais
apparemment non.


Il est biaisé parce que dès le départ, l'échantillon est choisi
spécifiquement pour le résultat, et deuxio, parce que le nombre de
groupe est choisi.
Il aurait été plus judicieux de laisser tourner l'algorithme pour des
très grandes valeurs de K pour savoir vers quelle limite tends la
fonction de répartition des allèles. J'en ai parlé à la fin de mon post
précédent il me semble.

La seul chose qu'il dit, c'est que si l'on choisit ARBITRAIREMENT de
séparer l'espèce humaines en 5 groupes, on obtient grosso modo la
répartition du monde..


Oui, je n'ai pas dit le contraire :
<quote>
Ils avaient apparemment montré qu'on pouvait partionner
(par des techniques de clustering) les populations humaines en 5
groupes, correspondant à peu de choses près aux « races humaines »
traditionnelles.
</quote>
Tu as juste oublié de mentionner qu'ils avaient AUSSI prouvé qu'on

pouvait séparer en seulement 2 clusters ou en 6 clusters.


Bon, allez, j'admet avoir fait une erreur en mettant « les populations
humaines », j'aurais du mettre « des ». Et effectivement, je n'ai pas
été très précis, mais ce ne serait plus un troll, autrement :)
Il est tellement rare d'avoir une citation du magazine "Science" dans

un troll. Je goute en fin connaisseur ;-)

Il est dit aussi que si l'on cherche à séparer en deux groupes(K=2), on
obtient seulement deux populations "les africains et les américains".
Et que si on fixe toujours arbitrairement le nombre de sous groupe à 6,
apparait une nouvelle population "Kalash"
Ce qui m'interpelle, c'est que les résultats de l'algorithme n'ont pas été
publiés pour des valeurs supérieures de K..(quels résultats à K= 25 par
exemple ?)


Bah, ça ne devait pas correspondre à un résultat « intéressant ». Et les
résultats pas intéressant, ça passe à la trappe.
+1


J'irais presque à dire que l'article est trollesque par le style
rédactionnel de ses auteurs.

--
Ce n'est pas parce que tu touches le fond que tu dois t'arrêter de
creuser


Avatar
Jérémy JUST
On Tue, 05 Jul 2005 10:18:59 +0200
Richard Delorme wrote:

Les criminologues, par exemple, déterminent facilement sexe, âge
et origine ethnique à partir d'un simple crâne. >
Bravo! Tu viens de démontrer brillamment que les caractères

morphologiques étaient pertinents pour le criminologue!
L'anatomie ce n'est plus de la biologie ?



L'identification d'individus n'est pas de l'anatomie.


--
Jérémy JUST



Avatar
helios
"lolo" a écrit dans le message de
news:42ca7722$0$27618$
il y a qu'une race d'homme qui est la race humaine de l'especes des
primate


superieurs

qui est constitue par les homidés , chimpanze, gorille l'ouranoutang

les 4 etant genetiquement semblable a plus de 99%


autrement voyont si il existe plusieur race humaines prenons un critere

couleur peau:

type negroide va du blanc (indo-negro) au noir ebene
type indo-europeen va du blanc (type danois) au noir type indous
type asiatique va du blanc (yourk) au jaune cuivre (indoamericain
esquimaux)


tailles de 1m20 a 2m10 quelque soit les type etnique

cheveux du blanc au noir quelque soit le type

poids de 30 a beaucoup trop

......


alors sur quel critere peut on differencie les races humaines ?
Les diplômes ?


la race des êtres supérieur > bac+7
race des neuneus: les autres

;)


le critere n'est pas bon car le bac n'est pas un diplome mondial ?
et pourquoi le bac comme reference et non un autre diplome par exemple celui
de l'ecole coranique ?
et quel bac car tout les bac ne se valent pas ?

ensuite un diplome c'est subjectif comme critere , pourquoi pas le religion
ou la couleur politique ?

par exemple les atimistes et les autres ?
ou les fachos et les autres ?


Avatar
Jérémy JUST
On Tue, 05 Jul 2005 03:36:19 +0200
"Laurent BERNE" wrote:

par leur système de complémentarité, les séquences se reproduisent
tout aussi spontanément.


Que c'est beau... :)

Je me demande pourquoi on a cherché pendant des années des enzymes
capable de réaliser in vitro la réplication de séquences (la Taq
communément utilisée maintenant).


Ca c'est prouvé et reproductible ( on fout des brins d'ARN, des
nucléotides en pagaille, spontanément l'ARN se réplique.).


Ce mélange se conserve très bien à température ambiante. Tant que tu
n'as pas ajouté enzymes et cofacteurs, ta sauce se gardera des mois
sans évolution notable.


C'est la théorie de l'origine de la vie la plus communément admise
(des ARN qui se sont plus ou moins organisé au fil du temps dans la
"soupe primordiale").


C'est effectivement une théorie, mais les réactions que tu présentent
comme spontanées, prouvées et reproductibles ont pris des milliards
d'années à converger vers des structures complexes, stables et vraiment
autoreproductibles.


Vu qu'on sait déjà faire des gènes de synthèses


Disons qu'on sait:
- synthétiser des acides nucléiques selon une séquence connue,
- répliquer des séquences fournies (en domestiquant des enzymes
bactériennes),
- utiliser les séquences de gènes préexistants pour faire des gènes de
fonction chimérique.

Par contre, on ne sait pas encore créer ab initio de gènes pour une
fonction dont on a besoin.


et donc des protèines de synthèse..


De la même façon que pour la réplication d'ADN/ARN, on détourne des
machineries enzymatiques bactériennes.
On est bien incapable de faire ce que font les ribosomes.


on finira par aller au bout de la chaine de fabrication un jour où
l'autre.


Oh, ça, sans doute!


C'est plus une question de complexité que de savoir.


Hum, vu ce qu'on lit dans la littérature actuellement, on se dit que
si on avait produit des cellules artificielles en ne tenant compte que
de ce qu'on savait il y a cinq ans, elles n'aurait pas été viables bien
longtemps.
C'est très sûrement vrai avec nos connaissances actuelles, et ça le
sera probablement encore dans cinq ans (après, je ne sais pas).


En quoi la vie serait plus une réussite de l'univers que la naissance
d'une étoile par exemple ???


La variété des processus mis en jeu est quand même considérablement
plus importante dans le cas de la vie.


--
Jérémy JUST

Avatar
Laurent BERNE
Le 05/07/2005, Jérémy JUST a supposé :
On Tue, 05 Jul 2005 03:36:19 +0200
"Laurent BERNE" wrote:

par leur système de complémentarité, les séquences se reproduisent
tout aussi spontanément.


Que c'est beau... :)
non fascinant ;-)


Je me demande pourquoi on a cherché pendant des années des enzymes
capable de réaliser in vitro la réplication de séquences (la Taq
communément utilisée maintenant).
Plus rapide, plus rentable... (plus séduisant oserais-je même..).

Qui voudrait d'une réaction non visible à l'echelle de temps humaine ?


Ca c'est prouvé et reproductible ( on fout des brins d'ARN, des
nucléotides en pagaille, spontanément l'ARN se réplique.).


Ce mélange se conserve très bien à température ambiante. Tant que tu
n'as pas ajouté enzymes et cofacteurs, ta sauce se gardera des mois
sans évolution notable.
Peut être même des dizaines d'années.. ou même des centaines où est le

problème ?
La réaction se fera.
Tous le matériel enzymatique que l'on rajoute n'a pour but que de
l'accélerer. Pas de la permettre.
Bien que vu la complexité du bazar.. y'a intérêt à être patient.

C'est la théorie de l'origine de la vie la plus communément admise
(des ARN qui se sont plus ou moins organisé au fil du temps dans la
"soupe primordiale").


C'est effectivement une théorie, mais les réactions que tu présentent
comme spontanées, prouvées et reproductibles ont pris des milliards
d'années à converger vers des structures complexes, stables et vraiment
autoreproductibles.
ouaip. Ca change leur nature spontanées et reproductibles pour autant ?







En quoi la vie serait plus une réussite de l'univers que la naissance
d'une étoile par exemple ???


La variété des processus mis en jeu est quand même considérablement
plus importante dans le cas de la vie.
Même pas sur.. Mais là, c'est aux physiciens du forum de demander.


--
Ce n'est pas parce que tu touches le fond que tu dois t'arrêter de
creuser


Avatar
ptilou
Bonjour,

il y a qu'une race d'homme qui est la race humaine de l'especes des pri mate
superieurs

qui est constitue par les homidés , chimpanze, gorille l'ouranoutang

les 4 etant genetiquement semblable a plus de 99%


autrement voyont si il existe plusieur race humaines prenons un critere

couleur peau:

type negroide va du blanc (indo-negro) au noir ebene
type indo-europeen va du blanc (type danois) au noir type indous
type asiatique va du blanc (yourk) au jaune cuivre (indoamericain
esquimaux)


tailles de 1m20 a 2m10 quelque soit les type etnique

cheveux du blanc au noir quelque soit le type

poids de 30 a beaucoup trop

......


alors sur quel critere peut on differencie les races humaines ?
Les diplômes ?


la race des êtres supérieur > bac+7
race des neuneus: les autres



Donc, la majorité des informaticiens sont des neuneus !

;)


Doit t'es docteur ?

Ptilou


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Patrice Karatchentzeff
Michel Billaud writes:

Franck Yvonnet writes:


[...]

Les plombiers se recycleront dans l'informatique, et vu qu'on manquera
de plombier on sera bien obligés de réparer nos fuites d'eau nous-même.


par netpipe ?


presque...

$ cat bouchon > fuite | chalumeau && make money

PK

--
      |      _,,,---,,_       Patrice KARATCHENTZEFF
ZZZzz /,`.-'`'    -.  ;-;;,_   mailto:
     |,4-  ) )-,_. , (  `'-'  http://p.karatchentzeff.free.fr
    '---''(_/--'  `-'_)       


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